Вопросы экологической безопасности для себряковских цементников всегда являлись приоритетными и основополагающим. Так ещё в 1978 году была создана служба по обслуживанию пылегазочистных установок – цех «Обеспыливание» и экологическая служба завода, которая включает в себя дипломированных инженеров по охране окружающей среды и специалистов работающих в подразделениях предприятия. Специалисты экологической службы принимают непосредственное участие в разработке и реализации проектов технического перевооружения завода, делая акцент на внедрение наиболее современных технологии пылегазоочисток в мире.
С 2002 г. ва АО «Себряковцемент» действует Программа технического перевооружения. В рамках этой Программы помимо обновления основного технологического оборудования особенно пристальное внимание традиционно уделяется решению экологических вопросов. В период 2002-2012 г. была произведена замена (реконструкция) газоочистных установок основного технологического оборудования, в результате пылевыбросы снижены в 5 раз. Также дополнительно установлены рукавные фильтры при отгрузке цемента — улучшены условия труда на рабочих местах, оптимизирована система оборотного водоснабжения (сточные воды используются для приготовления сырьевого шлама), построен собственный полигон промышленных отходов, ежегодно проводится расчистка русла реки Медведица, обеспечивающая не только работу водозаборных сооружений, но сохранение рекреационного значения реки, защиту от обмеления и заболачивания прибрежной полосы. На реализацию природоохранных мероприятий в рамках Программы технического перевооружения было израсходовано более 500 млн.руб.
Следующим этапом развития предприятия является переход на энергосберегающую «сухую» технологию обжига цементного клинкера. В 2013 г. пущена в работу первая технологическая линия, работающая по «сухому» способу производства. В результате выведены из работы пять морально и физически устаревших печей «мокрого» способа производства, при этом снижение выбросов в атмосферу в целом по заводу составляет: по пыли на 29%, снижение расхода технологического топлива (природный газ) и, следовательно, выбросов парниковых газов на 39%, снижение водопотребления (на приготовление сырьевого шлама) — 566,6 тыс. м3/год. Общая стоимость обеспыливающего оборудования (без учёта строительных затрат) – 213,3 млн.руб. С переходом предприятия на сухой способ производства была учтена необходимость в утилизации бытовых сточных вод завода (ранее для утилизации сточные воды в составе сырьевого шлама подавались в мокрые печи), поэтому в 2017г. была построена и введена в эксплуатацию станция биологической очистки бытовых сточных вод.
По итогам проводимой работы предприятие неоднократно становилось победителем различных отраслевых конкурсов, например, «100 лучших организаций России. Экология и экологический менеджмент» в номинации «За внедрение энергосберегающих технологий».